В ночь с 6 на 7 июля 2012 года в Краснодарском крае произошло разрушительное наводнение, вызванное сильными осадками. Было затоплено более 7 тыс. жилых домов, из них почти 5 тыс. в Крымске. Погибло более 150 человек, в основном — в Крымском районе. С первого дня трагедии Церковь активно включилась в работу по преодолению последствий стихии и оказанию помощи потерпевшим. 7 июля, в храме Архангела Михаила в Крымскеначал работу церковный штаб оказания помощи пострадавшим. За время работы штаба было распределено около 1 тыс. тонн гуманитарных грузов (продукты питания, питьевая вода, средства гигиены, постельные принадлежности). С 7 июля по 1 сентября при храме работала полевая кухня, благодаря которой горячее питание получили более 30 тысяч горожан. Штабом была оказана адресная помощь более 3,5 тыс. семей (около 20 тыс. человек). В работе церковного штаба приняли участие около 400 добровольцев из разных регионов страны, в том числе 50 студентов духовных школ Русской Православной Церкви. Координацией церковной деятельности по оказанию помощи пострадавшим занимались Синодальный отдел по церковной благотворительности и социальному служению и Екатеринодарская епархия.
К апрелю 2013 года на счет Синодального отдела по церковной благотворительности поступило пожертвований на сумму более 50 миллионов рублей. Из общецерковных средств, собранных по благословению Святейшего Патриарха Кирилла, пострадавшим были куплены 3 квартиры, 4 дома, пятерым пострадавшим оказана финансовая помощь в покупке жилья, также по 34 заявкам от пострадавших оплачены ремонтные работы жилых помещений. При оказании помощи приоритет отдавался одиноким старикам, многодетным семьям и инвалидам.
Из средств Екатеринодарской епархии были приобретены продукты детского питания и детской гигиены (на миллион рублей), жилой дом для семьи с двумя новорожденными младенцами (на миллион рублей), медицинский инвентарь, предметы первой необходимости, продукты питания, пострадавшим оказана помощь в ремонте жилья.
После трагедии Святейший Патриарх Кирилл дважды побывал в Крымском районе. Первый раз Предстоятель Русской Церкви посетил Крымск 23 июля 2012 года. Святейший Владыка совершил молебен и литию в храме Архангела Михаила, посетил Казанский храм, встретился с волонтерами, осмотрел подвергнувшиеся удару стихии дома, пообщался с родственниками погибших и пострадавшими жителями города. В ходе второго посещения города 21 апреля 2013 года Святейший Патриарх совершил Божественную литургию в храме Архангела Михаила и посетил жилища горожан, которым Церковь оказала помощь после наводнения.
